Финансовое обеспечение программы осуществляется за счет всех видов доходов университета в соответствии с планом финансово-хозяйственной деятельности, утверждаемым ежегодно в установленном порядке. Рост доходов университета относительно уровня 2020 года в целом составит 133 процента к 2024 году и 180 процентов в 2030 году (без учета государственных капитальных вложений), в том числе рост внебюджетных доходов составит 155 процентов к 2024 году и 217 процентов в 2030 году.

Общая динамика внебюджетных доходов будет опережать рост объемов бюджетного финансирования (доля внебюджетных доходов в совокупных доходах университета в 2020 году составила 49 процентов, в 2024 году составит не менее 57 процентов и не менее 59 процентов к 2030 году).

Основой рост внебюджетных доходов будет достигнут как за счет расширения позиций университета на традиционных рынках, так и за счет освоения новых рынков и видов продуктов.

Более чем в 2 раза возрастет размер средств, ежегодно получаемых университетом от доходов Фонда целевого капитала Национального исследовательского университета "Высшая школа экономики".

На реализацию проектной части программы (проектов развития) университет направит не менее четверти совокупных доходов (без учета целевых субсидий) (доля совокупных доходов (без учета целевых субсидий), направленных на реализацию проектной части программы, составит не менее 25 процентов ежегодно, с 2021 по 2030 годы).

Ключевыми направлениями проектных расходов являются расширение спектра и объема научных исследований, развитие кадрового потенциала, модернизация образовательной модели, цифровая трансформация и развитие инфраструктуры. Структура, размеры и источники покрытия расходов по реализации программы определятся при формировании плана финансово-хозяйственной деятельности на соответствующий период. Объемы финансового обеспечения мероприятий программы предусмотрены приложением № 2  к программе.

Программа включает мероприятия по модернизации цифровой инфраструктуры университета, объемы финансового обеспечения которых подлежат ежегодному уточнению в установленном порядке при формировании проекта федерального бюджета на очередной финансовый год и плановый период.

Реализация мероприятий по развитию имущественного комплекса университета, предусмотренных программой, предполагает доведение к 2024 году показателей обеспеченности университета учебно-лабораторными площадями до среднеотраслевого значения (15 кв. метров в расчете на одного студента) и общежитиями (до 50 процентов студентов обеспечены местами в общежитиях). Университет предусматривает ежегодное софинансирование этих мероприятий программы за счет собственных средств в размере, доступном для расходов на эти цели без ущерба для основной деятельности (до 2 процентов доходов от приносящей доход деятельности).