Разработка и автоматизация процедуры метагеномного анализа

В данном исследовании рассматривается применение метагеномного анализа — методики, которая позволяет проводить анализ генетического материала напрямую из окружающей среды, минуя необходимость в культивировании чистых культур. Метагеномика значительно расширяет возможности изучения микробиома разнообразных сред, в том числе почвы и водных экосистем, благодаря применению передовых технологий секвенирования и биоинформационного анализа. Основная цель нашей работы заключается в разработке и автоматизации методов метагеномного анализа. На сегодняшний день отсутствует универсальное решение, полностью отвечающее всем требованиям исследователей. В рамках нашего проекта в ООО “Биотек кампус” мы разработали алгоритм метагеномного анализа, который эффективно решает поставленные задачи. В процессе разработки мы использовали инструмент KrakenUniq и создали для него собственную базу данных метагеномных последовательностей. Мы провели анализ существующих инструментов для метагеномного анализа, реализовали агрегацию метагеномных данных, расширили существующую базу данных и реализовали визуализацию полученных результатов.