Влияние бифидобактерий и лактобацилл на микробиоту мышей

Комменсальные бактерии кишечника, такие как бифидобактерии и лактобациллы, оказывают благотворное влияние на состояние организма хозяина, модулируя иммунные реакции, укрепляя кишечный барьер и подавляя рост патогенных микроорганизмов. Поэтому изучение микробиоты кишечника является важной областью исследований. Основными методами идентификации микробных сообществ служат анализ последовательности гена 16S рРНК и полногеномное секвенирование (whole genome sequencing (WGS)). Целью нашего исследования было сравнение методов секвенирования на двух платформах, Illumina и Oxford Nanopore Technologies (ONT), для определения наиболее оптимального подхода для анализа состава микробиоты кишечника. В ходе эксперимента было исследовано влияние двух комменсальных штаммов, Lacticaseibacillus rhamnosus K32 и Bifidobacterium adolescentis 150, на кишечную микробиоту мышей линии C57BL/6. При секвенирования гена 16S рРНК на ONT проводили сравнительный анализ эффективности определения бактериального разнообразия с помощью 5 комбинаций праймеров. Все исследуемые комбинации выявили сопоставимое альфа-разнообразие микробиоты. Однако одна из комбинаций (bif27F - 1492R) являлась более специфичной при идентификации определенных видов, что привело к отличному профилю биоразнообразия. Было показано, что Illumina идентифицирует преимущественно Bacteroidota, а ONT - Firmicutes. Результаты продемонстрировали высокую степень корреляции между данными, полученными с одной платформы и с разным типом исходной ДНК. Однако данные WGS, полученные с платформ Illumina и ONT, имеют высокий уровень сходства. Использование комбинированных данных с двух платформ секвенирования позволяет более полно оценивать бактериальное разнообразие. Результаты показали, что введение мышам исследуемых штаммов изменило состав их кишечной микрофлоры, в том числе за счет увеличения количество бактерий, имеющих благоприятное воздействие на организм.