Изучение роли фактора сборки и ремоделирования хроматина CHD1 в глобальной регуляции транскрипции

На 56 с., 26 рис. КЛЮЧЕВЫЕ СЛОВА: CHD1, PRO-SEQ, RNA-SEQ, ДИФФЕРЕНЦИАЛЬНАЯ ЭКСПРЕССИЯ, ДОЗОВАЯ КОМПЕНСАЦИЯ, ТРАНСКРИПЦИЯ. Тема выпускной квалификационной работы: “Изучение роли фактора сборки и ремоделирования хроматина CHD1 в глобальной регуляции транскрипции”. Цель ВКР: изучение роли CHD1 в глобальной регуляции транскрипции с помощью биоинформатического анализа данных РНК - секвенирования (RNA-Seq), секвенирования транскриптов в момент прохождения транскрипции (PRO-Seq) на модели дрозофилы. Для достижения поставленной цели решались следующие задачи: 1. Исследовать роль CHD1 в регуляции дифференциальной экспрессии генов 2. Сделать анализ роли CHD1 в дозовой компенсации 3. Анализ роли CHD1 в регуляции аберрантной транскрипции 4. Разработать пайплайн для анализа всеобъемлющей регуляции транскрипции с использованием данных по секвенированию вновь возникающих транскриптов и тотальной транскрипции. Объекты исследования - S2 клетки и головы личинок Drosophila Melanogaster. Предмет исследования - глобальная регуляция транскрипции фактором CHD1. Функции CHD1 изучаются с использованием классической модели дозовой компенсации и in silico методов обработки данных PRO-Seq и RNA-Seq. Референсные данные были получены из баз данных Flybase и NCBI, они же использовались для интерпретации полученных результатов. Полученные результаты показывают: 1. CHD1 вовлечен в дифференциальную экспрессию генов, регуляция зависит от типа клеток 2. Белок CHD1 стадие- и тканеспецифично вовлечен в регуляцию дозовой компенсации у Drosophila melanogaster 3. Белок CHD1 оказывает умеренное влияние на транскрипцию с криптических промоторов внутри генов