Программная платформа для автоматической оценки физических свойств на основе атомистического моделирования

Молекулярная моделирования — важная научная область, включающая междисциплинарный контекст. Отдельные дисциплины, такие как физика материалов, химия, математика и информатика, работают вместе для развития этой необычной области. Исследователи в области молекулярной динамики работают напрямую с системами высокопроизводительных вычислений и должны выполнять моделирование с использованием популярных пакетов программного обеспечения, таких как LAMMPS, GROMACS, CHARMM, CP2K и т. д. Общий процесс моделирования может показаться немного утомительным для новичков или опытных пользователей, причины будут обсуждаться в этой работе, но в целом подготовка входных файлов, анализ выходных файлов и проверка ресурсов, таких как доступность процессоров и графических процессоров, требуют много времени. из систем HPC — вот они. В этой работе представлено программное решение, а именно программная среда для автоматической оценки физических свойств на основе атомистического моделирования. Решение разработано с использованием специальных программных инструментов и ориентировано на пакет LAMMPS для моделирования. Была рассмотрена программная среда с интерфейсом командной строки и цветным выводом, чтобы сделать работу пользователя более удобной и знакомой, поскольку интерфейсы пакетов молекулярной динамики обычно представляют собой командную строку. И, наконец, представлены дальнейшие темы работы. Интересно знать, что не вся работа ведется в области молекулярной динамики и, конечно же, разработки программных инструментов для автоматизации всего процесса, минимизации усилий по проведению моделирования и сосредоточения усилий на исследованиях.