Молекулярная характеристика АКТГ-продуцирующих опухолей человека

Целью данной работы является молекулярная характеристика опухолей человека, продуцирующих адренокортикотропный гормон (АКТГ). Основные задачи включают анализ данных транскриптомного секвенирования, выявление дифференциально экспрессированных генов, их функциональный анализ и поиск химерных генов. Исследование основывается на данных транскриптомного секвенирования, включающих 22 образца АКТГ-секретирующих аденом гипофиза, 6 образцов карциноидов легкого, 1 образец нейроэндокринной опухоли поджелудочной железы, 7 образцов нормального гипофиза и 8 образцов нормального легкого. Методология включает анализ главных компонент и дифференциальной экспрессии генов с помощью DESeq2, анализ обогащения генной онтологии с использованием clusterProfiler. Для анализа и интерпретации уровней активации биологических путей использовался OncoboxPD. Деконволюция данных РНК-секвенирования проводилась с помощью MuSiC. Для поиска химерных генов использовался STAR-fusion. Образцы АКТГом продемонстрировали высокую гетерогенность экспрессионных профилей. Обнаружено повышение активности процессов, связанных с ионным транспортом, а также изменения в структуре внеклеточного матрикса. Повышенная активность путей, связанных с клеточным стрессом, метаболической адаптацией и клеточной миграцией, и снижение активности путей, связанных с эндокринными и нейронными функциями. Образцы карциноидов легкого продемонстрировали значительные различия в экспрессионных профилях по сравнению с контролями. Обнаружено повышение активности процессов, связанных с нейроэндокринной секрецией и транспортом моноаминов, и снижением активности процессов, связанных взаимодействием с внеклеточным матриксом. Идентифицировано 6 новых химерных генов, не представленных ранее в базах данных.