Математические модели и анализ данных в популяционной геномикеMathematical models and data analysis in population genomics
Соискатель:
Члены комитета:
Алескеров Фуад Тагиевич (ФГАОУ ВО «Национальный исследовательский университет «Высшая школа экономики» , д. т. н., председатель комитета), Афанасьев Валерий Николаевич (МИЭМ им. Тихонова А.Н. ФГАОУ ВО «Национальный исследовательский университет «Высшая школа экономики", д. т. н., член комитета), Балановская Елена Владимировна (ФГБНУ «Медико-генетический научный центр имени академика Н.П. Бочкова", д. б. н., член комитета), Ильин Вячеслав Анатольевич (Национальный исследовательский центр «Курчатовский институт», д. ф.-м. н., член комитета), Тоневицкий Александр Григорьевич (ФГАОУ ВО «Национальный исследовательский университет «Высшая школа экономики», д. б. н., член комитета)
Диссертация принята к предварительному рассмотрению:
3/6/2023
Диссертация принята к защите:
4/3/2023 (Протокол №9 от 03.04.2023)
Дисс. совет:
Совет по инженерным наукам и прикладной математике
Дата защиты:
6/15/2023
В диссертационной работе представлены теоретические результаты в области популяционной и эволюционной генетики. На основе новых математических моделей разработаны методы анализа генетических данных и соответствующее программное обеспечение для оценки популяционных и эволюционных параметров. Также получены результаты анализа экспериментальных данных для человека и коронавируса SARS-CoV-2. Результаты работы расширяют арсенал методов для исследований в области популяционной и эволюционной генетики, позволяя выяснять детальную и точную картину истории развития популяций, получать новые знания об эволюционных процессах и адаптации. Разработанные модели и методы позволяют оценивать из генетических данных такие основополагающие параметры как скорость миграции, пропорции примешивания, время разделения и примешивания популяций, силу естественного отбора. Новые алгоритмы и программное обеспечение отвечает требованиям современных и перспективных задач геномики, требующих обработки большого объема данных.
Диссертация [*.pdf, 32.01 Мб] (дата размещения 4/14/2023)
Резюме [*.pdf, 3.48 Мб] (дата размещения 4/14/2023)
Summary [*.pdf, 3.44 Мб] (дата размещения 4/14/2023)
Публикации, в которых излагаются основные результаты диссертации
Estimating population split times and migration rates from historical effective population sizes (смотреть на сайте журнала)
Post-Admixture Selection on Chileans Targets Haplotype Involved in Pigmentation, Thermogenesis and Immune Defense Against Pathogens (смотреть на сайте журнала)
Variational Autoencoders with Euclidean and Hyperbolic Latent Spaces for Population Genetics (смотреть на сайте журнала)
On the quantitative quasi-isometry problem: Transport of Poincaré inequalities and different types of quasi-isometric distortion growth (смотреть на сайте журнала)
Elevation as a selective force on mitochondrial respiratory chain complexes of the Phrynocephalus lizards in the Tibetan plateau (смотреть на сайте журнала)
A quantitative version of the Morse lemma and quasi-isometries fixing the ideal boundary (смотреть на сайте журнала)
Estimating the timing of multiple admixture events using 3-locus Linkage Disequilibrium (смотреть на сайте журнала)
Genomic epidemiology of the early stages of the SARS-CoV-2 outbreak in Russia (смотреть на сайте журнала)
Deep learning based methods for estimating distribution of coalescence rates from genome-wide data (смотреть на сайте журнала)
Deep learning for inferring distribution of time to the last common ancestor from a diploid genome (смотреть на сайте журнала)
Сведения о результатах защиты:
Комитет по диссертации рекомендовал присудить учёную степень доктора наук по прикладной математике (протокол № 2 от 15.06. 2023г.);Решением диссертационного совета (протокол № 23 от 21.06. 2023г.) присуждена ученая степень доктора наук по прикладной математике
См. на ту же тему
Идентификация параметров деформационного поведения материалов для задач проектирования технологических процессов сверхпластической формовкиКандидатская диссертация
Соискатель: Захарьев Иван Юрьевич
Руководитель: Аксенов Сергей Алексеевич
Дата защиты: 6/23/2022