Научный семинар "Исследование медико-биологических данных"

Магистратура 2020/2021

Лучший по критерию «Новизна полученных знаний»

Статус: Курс обязательный (Анализ данных в биологии и медицине)

Направление: 01.04.02. Прикладная математика и информатика

Кто читает: Кафедра технологий моделирования сложных систем

Где читается: Факультет компьютерных наук

Когда читается: 1-й курс, 1-4 модуль

Формат изучения: без онлайн-курса

Преподаватели: Власов Василий Викторович, Кертес-Фаркаш Аттила, Рубинов Анатолий Рувимович

Прогр. обучения: Анализ данных в биологии и медицине

Язык: русский

Кредиты: 6

Контактные часы: 96

Полная версия программы учебной дисциплины

Аннотация

Настоящая дисциплина относится к блоку обязательных дисциплин. Изучение данной дисциплины базируется на следующих дисциплинах: Научно-исследовательский семинар «Исследование медико-биологических данных», 1 курс -«Молекулярная эволюция» Для освоения учебной дисциплины студенты должны владеть следующими знаниями: - Основные понятия эволюционной биологии - Основы эволюционной медицины

Цель освоения дисциплины

Познакомить с основными понятиями, используемыми в вычислительной филогентке

Планируемые результаты обучения

Познакомить с публикациями по данной тематике
Познакомить с основными алгоритмами вычислительной филогенетики
Владение основными программами для реконструкции филогенетических деревьев
Познакомить с основными понятиями, используемыми в вычислительной филогентке
Понимание теоретических принципов вычислительной филогенетики
Понимание русской и английской терминологии, относящейся к теме семинара, способность читать и понимать литературу по теме;
Научить практически выполнять простейший филогенетический анализ семейства биологических последовательностейт.

Содержание учебной дисциплины

Основные принципы молекулярной эволюции
Филогенетическое дерево как комбинаторный объект
Терминология (лист, ветвь, узел, клада, корень). Топология дерева как набор разбиений множества листьев. Смысл длин ветвей. Число различных разрешённых деревьев с n листьями (укоренённых и неукоренённых). Что такое “ультраметричность” (применительно к филогенетическому дереву)
Алгоритмы реконструкции филогенетических деревьев
Программы работы с филогенетическими деревьями. Форматы файлов
Принципиальная схема реконструкции филогении Дистанционные и символьные методы Прямые и переборные методы
Современная литература по вычислительной филогенетике
Разбор статей и доклады студентов

Элементы контроля

Контрольная работа 1
Доклад по статье/практическому заданию
Контрольная работа 2
Экзамен

Промежуточная аттестация

Промежуточная аттестация (4 модуль)
0.3 * Доклад по статье/практическому заданию + 0.25 * Контрольная работа 1 + 0.25 * Контрольная работа 2 + 0.2 * Экзамен

Программа дисциплины