2022/2023
Медицинская биоинформатика
Лучший по критерию «Новизна полученных знаний»
Статус:
Майнор
Где читается:
Факультет компьютерных наук
Когда читается:
3, 4 модуль
Охват аудитории:
для всех кампусов НИУ ВШЭ
Язык:
русский
Кредиты:
5
Контактные часы:
76
Программа дисциплины
Аннотация
В курсе “Медицинская биоинформатика” изучается геномика человека, полиморфизмы и структурные варианты в популяции и их связь с заболеваниями. Дается представление о полногеномном поиске ассоциаций и консорциумных проектах, изучающих генетику рака и других заболеваний. Изучаются элементы системной биологии, показывающей как генетические изменения могут приводить к изменениям на функциональном уровне. Дается представление о метаболических и сигнальных сетях, онтологическом анализе. Изучаются ДНК-белковые взаимодействия и РНК-регуляция. Дается представление о сравнительном анализе геномов человека и ближайших видов, таких как шимпанзе или неандерталец.
Цель освоения дисциплины
- Познакомиться с базами данных ортологов и знакомство с 3-х мерной структурой белков по базе данных PDB.
- Освоить программу визуализации трехмерной структуры белка PyMol.
- Научиться выстраивать филогенетические деревья на примере коровых белков (ATP, DNA-poymerase, 16S-RNA). Программа MEGA.
Планируемые результаты обучения
- Знать организацию геномов прокариот и эукариот
- Понимание эволюции коронавируса SARS-Cov.
- Будут определять молекулярный механизм действия ферментов разного класса.
Содержание учебной дисциплины
- Тема 1
- Тема 2
- Тема 3
- Тема 4
- Тема 5
- Тема 6
- Тема 7
- Тема 8
- Тема 9
- Тема 10
- Тема 11
- Тема 12
- Тема 13
- Тема 14
Промежуточная аттестация
- 2022/2023 учебный год 4 модуль0.1 * Квизы + 0.5 * Домашние задания + 0.4 * Экзамен
Список литературы
Рекомендуемая основная литература
- Baxevanis, A. D., & Ouellette, B. F. F. (2001). Bioinformatics : A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins (Vol. 2nd ed). New York: Wiley-Interscience. Retrieved from http://search.ebscohost.com/login.aspx?direct=true&site=eds-live&db=edsebk&AN=82014
- Bioinformatics for Evolutionary Biologists: A Problems Approach. Haubold, B., Börsch-Haubold, A. Springer International Publishing, 2017. eBook ISBN 978-3-319-67395-0.
- Pevsner, J. (2015). Bioinformatics and Functional Genomics (Vol. Third edition). Chichester, West Sussex, UK: Wiley-Blackwell. Retrieved from http://search.ebscohost.com/login.aspx?direct=true&site=eds-live&db=edsebk&AN=1055003
Рекомендуемая дополнительная литература
- Asbury, K., & Plomin, R. (2014). G Is for Genes : The Impact of Genetics on Education and Achievement (Vol. First edition). Chichester, West Sussex: Wiley-Blackwell. Retrieved from http://search.ebscohost.com/login.aspx?direct=true&site=eds-live&db=edsebk&AN=638531