2023/2024
Практическая биоинформатика
Лучший по критерию «Полезность курса для расширения кругозора и разностороннего развития»
Статус:
Маго-лего
Когда читается:
1, 2 модуль
Охват аудитории:
для всех кампусов НИУ ВШЭ
Преподаватели:
Коновалов Дмитрий Львович
Язык:
русский
Кредиты:
6
Контактные часы:
56
Программа дисциплины
Аннотация
Курс охватывает базы данных и основные сервисы и программы для обработки биологических последовательностеий, а также молекулярную филогению, семеийства и домены белков, базы данных по структурам белков и РНК. В цели курса входит научить студентов использовать основные биологические базы данных, в том числе содержащие геномную, структурную и другую информацию, в научно-исследовательскоий работе; овладеть базовыми средствами анализа геномноий, структурноий и другоий биологическоий информации.
Курс развивает ключевые знания и компетенции в биоинформатических задачах и позволит успешно работать с любыми типами биологических данных, которые будут встречаться в следующих курсах модуля.
Цель освоения дисциплины
- освоение студентами современных направлений компьютерного анализа генома
- освоение студентами новейших приложений для компьютерного анализа генома
Планируемые результаты обучения
- Знание алогитомв выравнивания
- Знание алогритмов множественного выравнивания
- Знание аннотации эукариотического генома
- Знание баз данных Pfam и InterPro
- Знание баз данных Uniprot. Swiss-Prot, TrEMBL и Uniref. GenBank/EMBL/DDBJ, RefSeq
- Знание как аннотировать CDS в геноме
- Знание статистики локального выравнивания последовательностей
- Понимание основ биоинформатических данных
- Понимание построения PWM, LOGO
- ПониманиеHMM-профиля семейства доменов
- Умение осуществлять поиск в RefSeq и GenBank, на сайте NCBI, в ENA и DDBJ
- Умение пользоваться программами MEME
- Умение пользоваться программой BLAST
- Умение пользоваться программой mfold
- Умение работать с базой данных PDB.
- Умение работать с программой MEGA
- Умение работать с программой PyMOL
Содержание учебной дисциплины
- Основы и технические детали
- Банки последовательностей.
- Парное выравнивание и BLAST.
- Множественное выравнивание.
- Эволюционные домены.
- Ортологи, паралоги, деревья.
- Пространственные структуры.
- . Аннотация бактериального генома.
- . Сигналы.
- Вторичная структура РНК.
Промежуточная аттестация
- 2023/2024 учебный год 2 модуль0,1*(СУММ(Контрольные)/4) + 0,6*(СУММ(ДЗ)/10) + 0,3*Аннотация
Список литературы
Рекомендуемая основная литература
- Анализ биологических последовательностей : вероятностные модели белков и нуклеиновых кислот, , 2006
Рекомендуемая дополнительная литература
- Bioinformatics for Evolutionary Biologists: A Problems Approach. Haubold, B., Börsch-Haubold, A. Springer International Publishing, 2017. eBook ISBN 978-3-319-67395-0.