Магистратура
2024/2025
Молекулярное моделирование
Статус:
Курс обязательный (Анализ данных в биологии и медицине)
Направление:
01.04.02. Прикладная математика и информатика
Где читается:
Факультет компьютерных наук
Когда читается:
2-й курс, 1, 2 модуль
Формат изучения:
без онлайн-курса
Охват аудитории:
для своего кампуса
Прогр. обучения:
Анализ данных в биологии и медицине
Язык:
русский
Кредиты:
6
Контактные часы:
56
Программа дисциплины
Аннотация
В рамках курса рассматриваются физические основы метода молекулярной динамики для компьютерного моделирования эволюции систем различной мерности: от молекул до кристаллов. Затрагиваемый круг вопросов охватывает описание потенциалов межатомного взаимодействия, процедуру инициализации и выбор граничных условий, алгоритмы интегрирования уравнений движения, термодинамические ансамбли, способы контроля температуры в процессе проведения молекулярно-динамических расчетов. Особое место отведено описанию неортогональной модели сильной связи, которая представляет собой разумный компромисс между классическими межатомными потенциалами и более строгими подходами из первых принципов. С помощью программного пакета NTBM продемонстрированы примеры проведения геометрической оптимизации и молекулярно-динамического моделирования наноструктур.