Гельфанд Михаил Сергеевич
- Ассоциированный сотрудник:Факультет компьютерных наук / Кафедра технологий моделирования сложных систем
- Научный руководитель образовательной программы:Анализ данных в биологии и медицине
- Начал работать в НИУ ВШЭ в 2016 году.
- Научно-педагогический стаж: 28 лет.
Образование, учёные степени и учёные звания
- 2007Ученое звание: Профессор
- 1998Доктор биологических наук
- 1993Кандидат физико-математических наук
- 1985
Специалитет: Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова, специальность «Математика», квалификация «Математик»
Достижения и поощрения
- Благодарственное письмо проректора НИУ ВШЭ (ноябрь 2021)
- Благодарственное письмо проректора НИУ ВШЭ (ноябрь 2021)
- Благодарность Факультета компьютерных наук НИУ ВШЭ (август 2018)
Учебные курсы (2022/2023 уч. год)
- Сравнительная геномика (Магистратура; где читается: Факультет компьютерных наук; 1-й курс, 3 модуль)Рус
- Архив учебных курсов
Учебные курсы (2021/2022 уч. год)
Учебные курсы (2020/2021 уч. год)
Публикации30
- Статья Sigalova O., Gelfand M. S. Chlamydia pan-genomic analysis reveals balance between host adaptation and selective pressure to genome reduction // BMC Genomics. 2019. Vol. 20. No. 1. P. 1-17. doi
- Статья Суворова И., Gelfand M. S. Comparative Genomic Analysis of the Regulation of Aromatic Metabolism in Betaproteobacteria // Frontiers in Microbiology. 2019. Vol. 10. P. 1-18. doi
- Статья Gelfand M. S. Micro-evolution of three Streptococcus species: selection, antigenic variation, and horizontal gene inflow // BMC Evolutionary Biology. 2019. Vol. 19. No. 1. P. 1-15. doi
- Статья Mikhail S. Gelfand Nuclear lamina integrity is required for proper spatial organization of chromatin in Drosophila // Nature Communications. 2019. Т. 10. № 1. С. 1-11. doi
- Статья Garushyants S., Beliavskaia A., Malko D., Logacheva M., Rautian M., Gelfand M. S. Comparative Genomic Analysis of Holospora spp., Intranuclear Symbionts of Paramecia // Frontiers in Microbiology. 2018. Vol. 9. Article 738. doi
- Статья Gelfand M. S. Comparative genomic analysis of fungal TPP-riboswitches // Fungal Genetics and Biology. 2018. Vol. 114. P. 34-41. doi
- Статья Mazin P., Jiang X., Fu N., Han D., Guo M., Gelfand M. S., Khaitovich P. Conservation, evolution, and regulation of splicing during prefrontal cortex development in humans, chimpanzees and macaques // RNA. 2018. P. 585-596. doi
- Статья Mazin P., Gelfand M. S. Cooption of heat shock regulatory system for anhydrobiosis in the sleeping chironomid Polypedilum vanderplanki // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 2018. P. E2477-E2486. doi
- Статья Gelfand M. S. Genome rearrangements and phylogeny reconstruction in Yersinia pestis // PeerJ. 2018. Vol. 6. P. 1-13. doi
- Статья Gelfand M. S. Genome rearrangements and selection in multi-chromosome bacteria Burkholderia spp. // BMC Genomics. 2018. Vol. 19. No. 1. P. 1-17. doi
- Статья Gelfand M. S. Microbiomes of gall-inducing copepod crustaceans from the corals Stylophora pistillata (Scleractinia) and Gorgonia ventalina (Alcyonacea) // Scientific Reports. 2018. Vol. 8. No. 1. P. 1-10. doi
- Статья Gelfand M. S. Neanderthal and Denisovan ancestry in Papuans: A functional study // Journal of Bioinformatics and Computational Biology. 2018. Vol. 16. No. 2. P. 1840011-1-1840011-12. doi
- Статья Gelfand M. S. Pangenomic Definition of Prokaryotic Species and the Phylogenetic Structure of Prochlorococcus spp // Frontiers in Microbiology. 2018. Vol. 9. P. 1-11. doi
- Статья Gelfand M. S. The genes of the sulphoquinovose catabolism in Escherichia coli are also associated with a previously unknown pathway of lactose degradation // Scientific Reports. 2018. Vol. 8. No. 1. P. 1-12. doi
- Статья Gelfand M. S. Genome analysis of E. coli isolated from Crohn's disease patients. BMC Genomics // BMC Genomics. 2017. Vol. 18. No. 1. P. 1-17. doi
- Статья Gelfand M. S., Kaznadzey А., Shelyakin P. Sugar Lego: Gene composition of bacterial carbohydrate metabolism genomic loci // Biology Direct. 2017. Vol. 12. No. 2. P. 1-14. doi
- Статья Ulianov S., Gelfand M. S., Razin S., et a. Active chromatin and transcription play a key role in chromosome partitioning into topologically associating domains // Genome Research. 2016. Vol. 26. No. 1. P. 70-84. doi
- Статья Evfratov S., Osterman I., Komarova E., Pogorelskaya, A., Rubtsova M., Zatsepin T., Semashko T., Kostryukova E., Mironov A. A., Burnaev E., Krymova E., Gelfand M. S., Govorun V., Bogdanov A., Sergiev P., Dontsova O. Application of sorting and next generation sequencing to study 5'-UTR influence on translation efficiency in Escherichia coli // Nucleic Acids Research. 2016. Vol. 45. No. 6. P. 3487-3502. doi
- Статья Ivanenko V., et a., Gelfand M. S., et a., Ferrari F. Changes in segmentation and setation along the anterior/posterior axis of the homonomous trunk limbs of a remipede (Crustacea, Arthropoda) // PeerJ. 2016. Vol. 10. No. 4. P. e2305-1-e2305-20.
- Статья Zhang B., Gelfand M. S., Khaitovich P., et a. Changes in snoRNA and snRNA Abundance in the Human, Chimpanzee, Macaque, and Mouse Brain // Genome Biology and Evolution. 2016. Vol. 8. No. 3. P. 840-850. doi
- Статья Kalinina A., Suvorikova A., Spokoiny V., Gelfand M. S. Detection of homologous recombination in closely related strains // Journal of Bioinformatics and Computational Biology. 2016. Vol. 14. No. 2. P. 1641001-1-1641001-12. doi
- Статья Bondarenko V., Gelfand M. S. Evolution of the Exon-Intron Structure in Ciliate Genomes // Plos One. 2016. Vol. 11. No. 9. P. 1-16. doi
- Статья Čuklina J., Gelfand M. S., Evguenieva-Hackenberg E., et a. Genome-wide transcription start site mapping of Bradyrhizobium japonicum grown free-living or in symbiosis - a rich resource to identify new transcripts, proteins and to study gene regulation // BMC Genomics. 2016. Vol. 17. P. 1-19. doi
- Статья Kublanov I., et a., Gelfand M. S., Bonch-Osmolovskaya E. Genomic Analysis of Caldithrix abyssi, the Thermophilic Anaerobic Bacterium of the Novel Bacterial Phylum Calditrichaeota // Frontiers in Microbiology. 2016. Vol. 8. P. 195-1-195-16. doi
- Статья Flegontov P., et a., Gelfand M. S., et a., Tatarinova T. Genomic study of the Ket: a Paleo-Eskimo-related ethnic group with significant ancient North Eurasian ancestry // Scientific Reports. 2016. Vol. 6. P. 1-12. doi
- Статья Khrameeva E., Fudenberg G., Gelfand M. S., Mirny L. History of chromosome rearrangements reflects the spatial organization of yeast chromosomes // Journal of Bioinformatics and Computational Biology. 2016. Vol. 14. No. 2. P. 1641002. doi
- Статья Korostelev Y., Zharov I., Mironov A. A., Rakhmaininova A., Gelfand M. S. Identification of Position-Specific Correlations between DNA-Binding Domains and Their Binding Sites. Application to the MerR Family of Transcription Factors // Plos One. 2016. Vol. 11. No. 9. P. 1-23. doi
- Статья Tsoy O., Ravcheev D., Čuklina J., Gelfand M. S. Nitrogen fixation and molecular oxygen: Comparative genomic reconstruction of transcription regulation in Alphaproteobacteria // Frontiers in Microbiology. 2016. Vol. 7. P. 1-14. doi
- Статья Pirogov S., et a., Gelfand M. S. Recombination Processes and Nonlinear Markov Chains // Journal of Computational Biology. 2016. Vol. 23. No. 9. P. 711-717. doi
- Статья Hahn J., Tsoy O. V., Thalmann S., Čuklina J., Gelfand M. S., Evguenieva-Hackenberg E. Small Open Reading Frames, Non-Coding RNAs and Repetitive Elements in Bradyrhizobium japonicum USDA 110 // Plos One. 2016. No. 11(10). P. e0165429-1-e0165429-24. doi
Участие в редколлегиях научных журналов
С 1994 г.: член редколлегии журнала «Journal of Bacteriology».
С 1994 г.: член редколлегии журнала «Молекулярная биология».
С 1994 г.: член редколлегии журнала «Природа».
Опыт работы
1985-1999. Junior Scientist, Scientist, Senior Scientist. Institute of Protein Research, Russian (USSR) Academy of Sciences, Pushchino.
1999-2001. Leading Scientist, State Scientific Center for Biotechnology “GosNIIGenetika”.
2001-2003. Director of Science, IntegratedGenomics (Moscow branch).
2003-present. Professor, Moscow State University, Dept. of Bioengineering and Bioinformatics.
2004-present. Head, Research and Training Center of Bioinformatics, Institute for Information Transmission Problems (the Kharkevich Institute), Russian Academy of Sciences
2006-2020. Vice-Director for Science, Institute for Information Transmission Problems (the Kharkevich Institute), Russian Academy of Sciences
2016-2020. Professor and Head of M.Sc. Program “Data Analysis in Biology and Medicine”, Faculty of Computer Science, Higher School of Economics
2016-present. Professor, Skolkovo Institute of Science and Technology
2020-present. Vice-President for Biomedical Research, Skolkovo Institute of Science and Technology
Информация*
- Общий стаж: 33 года
- Научно-педагогический стаж: 28 лет
Выпускники рассказывают: Ксения Медведева
Ксения Медведева окончила магистерскую программу "Анализ данных в биологии и медицине" в 2019 году. В своем интервью Ксения рассказывает об учебе в Вышке, практике в ИППИ РАН и привлекательности направления бионинформатики.
Школа-конференция "Информационные технологии и системы" 2019
Сотрудники лаборатории - участники конференции
Московская конференция по вычислительной молекулярной биологии 2019 (Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB))
Сотрудники лаборатории - участники конференции
Состоялась школа-конференция “Информационные технологии и системы. Биоинформатика”
С 7 по 10 марта в учебном центре Вороново прошла межвузовская студенческая научная школа-конференция “Информационные технологии и системы. Биоинформатика”, организатором которой стал факультет компьютерных наук.
Зимняя школа по компьютерным наукам 2019
С 3 по 7 февраля 2019 г. в Учебном центре Вороново состоялась Зимняя школа для поступающих в магистратуру факультета компьютерных наук. В этом году было подано 169 заявок из различных регионов России, а также Болгарии, Украины, Молдавии, Казахстана и Киргизии. Из них 50 участников были приглашены в Учебный центр.
«Для науки очень важна функция самопроверки и самоочищения»
Ученые из ВШЭ вошли в состав новых комиссий РАН по противодействию фальсификации научных исследований и по борьбе с лженаукой. Новые комиссии возникли в результате разделения прежней комиссии по борьбе с лженаукой и фальсификациями, существовавшей при президиуме РАН двадцать лет.
Объявлены итоги конкурса НИРС 2018
На официальном сайте появились результаты конкурса научно-исследовательских работ студентов (НИРС) 2018 года. Публикуем список победителей и лауреатов по направлению «Компьютерные науки».
От клонирования мамонтов до тайн человеческого мозга: в Вышке пройдут дни научного кино
23 ноября в Вышке начнется ставший уже традиционным Фестиваль актуального научного кино ФАНК, в рамках которого будут показаны четыре документальных фильма. После показа каждого фильма зрители смогут принять участие в обсуждении и задать вопросы экспертам — сотрудникам и преподавателям Вышки.
Выпуск-2018
Настоящий и самый важный результат для факультета — это не рейтинги и не цифры, а его выпускники. Именно в них можно найти верный ответ на вопрос, зачем мы создали факультет компьютерных наук и что из этого получилось. Для ФКН этот учебный год стал особенным: выпустился первый набор бакалавров, студентов, с которых началась история нового факультета. Кроме того, первые дипломы получили выпускники магистерской программы "Анализ данных в биологии и медицине". В этом материале - интервью с выпускниками разных программ бакалавриата и магистратуры.
На ФКН прошли Дни компьютерных наук-2018
Празднование Дня рождения факультета, вручение стипендии Ильи Сегаловича, лекции от Яндекса, JetBrains, Сбербанка, КриптоПро, SAS и других компаний, Computer Science и космос, Computer Science и лингвистика... И, конечно, Дни открытых дверей. Cамая насыщенная событиями неделя на ФКН в этом году выпала на 9-15 апреля. По свежим следам – небольшой итог.
Завершилась Зимняя школа ФКН-2018
В начале февраля в учебном центре «Вороново» прошла зимняя школа по компьютерным наукам для поступающих в магистратуру. Почти неделю — с 1 по 6 февраля — студенты знакомились с магистерскими программами факультета, слушали лекции на русском и английском про машинное обучение, биоинформатику и блокчейн, участвовали в хакатоне от Microsoft, мастер-классе от КРОК и телемосте с сотрудниками Fermi National Accelerator Laboratory, а также тренировались решать задания вступительных экзаменов.
“Для человека он сам - первоочередный интерес”: беседа о биоинформатике
Как будет развиваться российская биоинформатика в ближайшие 5 лет, что нужно ученому для открытия и почему без машинного обучения невозможно развитие современной геномики - об этом и многом другом рассказала биоинформатик и биофизик Мария Попцова.
Как математика становится поэзией
Красота математики и секреты научного творчества стали главными темами новой книги ученых НИУ ВШЭ
«Надеюсь, что наша книга поможет кому-то найти свою дорогу в профессию»
В Вышке прошла презентация недавно вышедшей книги «Математические прогулки. Сборник интервью». Ее героями стали ведущие российские ученые-математики, многие из которых работают в НИУ ВШЭ.
В учебном центре НИУ ВШЭ «Вороново» прошел семинар по биоинформатике
С 6 по 9 мая на базе учебного центра НИУ ВШЭ «Вороново» прошла встреча исследователей в области биологии и компьютерных наук, посвященная обсуждению актуальных задач биоинформатики. Гостями мероприятия стали аспиранты и студенты магистерской программы Анализ данных в биологии и медицине, студенты факультета биоинженерии и биоинформатики МГУ, Школы Биоинформатики, а также магистранты биотехнологического направления Сколтеха.
В Вышке проведут «Всероссийскую лабораторную»
22 апреля по всей России впервые пройдет образовательно-просветительская акция «Всероссийская лабораторная», участникам которой предстоит ответить на вопросы об устройстве мира. Одной из площадок мероприятия станет факультет физики ВШЭ, на котором одновременно с акцией состоится большой День открытых дверей для абитуриентов бакалавриата и магистратуры.
Выездной семинар факультета компьютерных наук в «Вороново»
С 9 по 11 сентября в УЦ «Вороново» состоялся первый выездной семинар для сотрудников факультета компьютерных наук НИУ ВШЭ. На два с половиной дня площадка учебного центра превратилась в пространство для работы проектных команд, обсуждения перспектив развития международного сотрудничества, подведения итогов приемной кампании, анализа бакалаврских и магистерских образовательных программ, реализуемых на факультете.
Названы лауреаты стипендии имени Ильи Сегаловича за 2016 год
На факультете компьютерных наук во второй раз наградили лауреатов стипендии имени Ильи Сегаловича, учрежденной компанией Яндекс. Церемония награждения прошла 4 апреля и открыла Дни компьютерных наук на факультете.
В Вышке пройдут семь дней и одна ночь, посвященные компьютерным наукам
Факультет компьютерных наук в честь своего дня рождения — в апреле ему исполняется уже два года — проводит серию открытых мероприятий. Ночь анализа данных, День для школьников, мастер-классы по программированию от ИТ-компаний, публичные лекции — программа составлена так, чтобы человек любого возраста, увлеченный компьютерными науками, нашел для себя что-нибудь интересное. Мероприятия пройдут с 4 по 10 апреля.
«Твердое решение поступать в Вышку я принял именно на зимней школе»
Зимние школы факультета компьютерных наук, факультета математики и МИЭМ пройдут 4-8 февраля 2016 года в подмосковном учебном центре «Вороново». У каждой школы — своя программа, но преимущество их проведения в одно время и в одном месте в том, что слушатели при желании смогут заглянуть и на пару лекций в «соседних» школах. Расскажем про каждую из школ и дадим слово тем, кто уже участвовал в них и теперь учится в магистратуре ВШЭ.
«Спрос на биоинформатиков в мире и в России не удовлетворен»
В Высшей школе экономики на факультете компьютерных наук открывается магистерская программа «Анализ данных в биологии и медицине». О программе рассказывает ее руководитель, заместитель директора Института проблем передачи информации РАН Михаил Гельфанд.