Щур Владимир Львович
- Заведующий лабораторией, Старший научный сотрудник: Факультет компьютерных наук / Институт искусственного интеллекта и цифровых наук / Международная лаборатория статистической и вычислительной геномики
- Профессор: Факультет компьютерных наук / Департамент больших данных и информационного поиска
- Член Ученого совета НИУ ВШЭ
- Начал работать в НИУ ВШЭ в 2018 году.
- Научно-педагогический стаж: 11 лет.
Полномочия / обязанности
Ведение научно-исследовательского семинара. Чтение лекций. Ведение семинарских занятий. Руководство научно-исследовательской работой студентов.
Oбразование и учёные степени
Дополнительное образование / Повышение квалификации / Стажировки
Аспирантура, факультет математики, университет Париж 11 и Эколь Номаль Супериор (Париж, Франция), руководитель профессор П. Пансю, 2009-2013.
PhD (Diplome National de Docteur Mathematiques, с отличием), Университет Париж XI, 08.07.2013
Ассистент, факультет математики, университет Париж 11 (Орсэ, Франция), 2012-2013.
Научный сотрудник, группа профессора Дурбина, Институт Сэнгера, Кембридж, Англия, 2013-2016.
Научный сотрудник, группа профессора Нильсена, Университет Калифорнии в Беркли, Беркли, США, 2016-2019.
Приглашенный лектор на курсе STAT 88 «Вероятность и мат-статистика в науке о данных» в Университете Беркли (Калифорния, США), 2018-2019.
"Особенности организации учебного процесса в НИУ ВШЭ: правила и принципы, нормативные и методические вопросы, применение информационно-коммуникационных технологий" (2020) Удостоверение (PDF, 1,11 Мб)
Достижения и поощрения
Надбавка за защиту докторской диссертации (2023–2026)
Надбавка за публикацию в журнале из Списка А (и приравненном к нему научном издании) (2024–2025, 2023–2024)
Надбавка за публикацию в международном рецензируемом научном издании (2022–2023, 2021–2022, 2020–2022, 2019–2020)
Группа высокого профессионального потенциала (кадровый резерв НИУ ВШЭ)
Категория "Новые преподаватели" (2020)
Научный руководитель диссертационных исследований
- 1Хомутов Е. В. Методы машинного обучения в задачах популяционной геномики (aспирантура: 4-й год обучения)
Учебные курсы (2024/2025 уч. год)
- Математический анализ (углубленный курс) (Бакалавриат; где читается: Факультет компьютерных наук; 1-й курс, 1-4 модуль)рус
- Архив учебных курсов
Учебные курсы (2023/2024 уч. год)
- Математический анализ (Бакалавриат; где читается: Факультет компьютерных наук; 1-й курс, 1-4 модуль)рус
- Population Models in Genomics (Магистратура; где читается: Факультет компьютерных наук; 1-й курс, 3 модуль)Анг
- Population Models in Genomics (Магистратура; где читается: Московский институт электроники и математики им. А.Н. Тихонова направление: 01.04.02. Прикладная математика и информатика, направление: 01.04.02. Прикладная математика и информатика; 1-й курс, 3 модуль)Анг
- Population Models in Genomics (Маго-лего; 3 модуль)Анг
- Теория вероятностей и математическая статистика (Бакалавриат; где читается: Московский институт электроники и математики им. А.Н. Тихонова; 2-й курс, 2-4 модуль)рус
Учебные курсы (2022/2023 уч. год)
- Population Models in Genomics (Магистратура; где читается: Факультет компьютерных наук; 1-й курс, 3 модуль)Анг
- Population Models in Genomics (Маго-лего; 3 модуль)Анг
- Population Models in Genomics (Магистратура; где читается: Московский институт электроники и математики им. А.Н. Тихонова направление: 01.04.02. Прикладная математика и информатика, направление: 01.04.02. Прикладная математика и информатика; 1-й курс, 3 модуль)Анг
- Теория вероятностей и математическая статистика (Бакалавриат; где читается: Московский институт электроники и математики им. А.Н. Тихонова; 2-й курс, 2-4 модуль)рус
Учебные курсы (2021/2022 уч. год)
- Математический анализ (Бакалавриат; где читается: Московский институт электроники и математики им. А.Н. Тихонова; 2-й курс, 1, 2 модуль)рус
- Population Models in Genomics (Магистратура; где читается: Московский институт электроники и математики им. А.Н. Тихонова направление: 01.04.02. Прикладная математика и информатика, направление: 01.04.02. Прикладная математика и информатика, направление: 01.04.02. Прикладная математика и информатика, направление: 01.04.04. Прикладная математика, направление: 01.04.04. Прикладная математика, направление: 01.04.04. Прикладная математика; 1-й курс, 3 модуль)Анг
Учебные курсы (2020/2021 уч. год)
- Математический анализ (Бакалавриат; где читается: Московский институт электроники и математики им. А.Н. Тихонова; 2-й курс, 1, 2 модуль)рус
- Математический анализ (Бакалавриат; где читается: Московский институт электроники и математики им. А.Н. Тихонова; 1-й курс, 1-4 модуль)рус
- Population models in genomics (Магистратура; где читается: Московский институт электроники и математики им. А.Н. Тихонова; 1-й курс, 3 модуль)Анг
Конференции
- 2021
Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'21) (Moscow). Доклад: Estimating the timing of multiple admixture events using 3-locus Linkage Disequilibrium
- 2019
Probabilistic Modeling in Genomics (Aussois). Доклад: ngsPSMC: genotype likelihood-based PSMC for analysis of low coverage NGS data
Bay Area Population Genomics (Stanford). Доклад: On the distribution of tract lengths during adaptive introgression
MiSTI: method for correction of PSMC trajectories of admixed populations (Москва). Доклад: MiSTI: method for correction of PSMC trajectories of admixed populations
- 2018
ProbGen “Probabilistic Modeling In Genomics” (Cold Spring, NY). Доклад: Estimation of population split times and migration rates with variable population sizes
Авторские права и патенты
№ п/п | Номер РИД | Вид РИД | Наименование РИД | Сведения о регистрации | Авторы |
---|---|---|---|---|---|
1 | 5.0020-2024 | Программа для ЭВМ | AncestryGNN - Нейросетевое предсказание популяционной принадлежности по общим сегментам генома | 2024662409 | Глызин Дмитрий Сергеевич, Шмелев Алексей Валерьевич, Арзыматов Кененбек -, Щур Владимир Львович |
2 | 8.0040-2023 | Произведение | Видеоролик проекта LessON «Геномика простыми словами или кем являются родственники на самом деле?» | Щур Владимир Львович, Гончарова Катерина Владимировна | |
3 | 5.0098-2024 | Программа для ЭВМ | Пакет для предсказания гаплогруппы митохондриальной ДНК Glhap | Гаянов Никита Владимирович, Щур Владимир Львович |
Гранты
РНФ
22-71-10056 Моделирование и анализ генетического перемешивания популяций (2022-2025)
20-71-00143 Разработка методов для изучения исторической структуры популяции из полногеномных последовательностей с использованием глубокого машинного обучения (2020-2022)
РФФИ
20-29-01028 Разработка методов популяционного анализа древней и современной ДНК по правдоподобию генотипов (2021-2023)
19-07-00515 Разработка на основе скрытых марковских цепей метода и алгоритма для оценки локального происхождения при адаптационной интрогрессии (2019-2021)
Опыт работы
Ассистент, факультет математики, университет Париж-Юг (Орсэ, Франция), 2012-2013.
Научный сотрудник, группа профессора Дурбина, Институт WT, Кембридж, Англия, 2013-2016.
Научный сотрудник, группа профессора Нильсена, Университет Калифорнии в Беркли, Беркли, США, 2016-2019.
Приглашенный лектор на курсе STAT 88 «Вероятность и мат-статистика в науке о данных» в Университете Беркли (Калифорния, США), 2018-2019.
Информация*
- Общий стаж: 12 лет
- Научно-педагогический стаж: 11 лет
- Преподавательский стаж: 6 лет
«ЭкоНива» поддержит индустриальное партнерство с НИУ ВШЭ в области генетики и ИИ
В Высшей школе экономики состоялась стратегическая сессия с участием группы компаний «ЭкоНива», одного из ведущих агрохолдингов России. Мероприятие было посвящено теме индустриального партнерства в области генетики и искусственного интеллекта. Организатором выступила Международная лаборатория статистической и вычислительнойгеномики Института ИИ и цифровых наук факультета компьютерных наук ВШЭ.
Открытие сезона «Лаборантской»
11 октября со студентами ФКН встретились сотрудники международной лаборатории статистической и вычислительной геномики.
В НИУ ВШЭ обсудили, какие возможности дает РНФ и как ими правильно воспользоваться
26 сентября в Высшей школе экономики состоялось открытое научно-практическое мероприятие «10 лет с Российским научным фондом: опыт, успехи и новые возможности для исследователей». В нем приняли участие более 200 сотрудников университетов из разных регионов России, в том числе новых территорий. Представители научного блока Вышки рассказали, как в НИУ ВШЭ создаются условия для комфортной работы ученых, а ученые— о своих исследованиях, получивших поддержку РНФ.
Старт года академического кадрового резерва – 2024
9 - 11 февраля состоялся стартовый семинар для новых участников программы кадрового резерва «Эффективные стратегии профессионального становления и развития в академическом мире». Всего в выезде приняли участие около 150 коллег из Москвы, Санкт-Петербурга, Нижнего Новгорода и Перми.
Место встречи – «Научная среда»
22 ноября выпускники программы кадрового резерва провели нетворкинг-сессии для начинающих свой путь в науке стажеров-исследователей и аспирантов.
Посвящение в стажеры-исследователи научных лабораторий Вышки
26 апреля выпускники кадрового резерва приняли участие в проведении семинара «Научная среда», организованного Центром научной интеграции НИУ ВШЭ
Старт года академического кадрового резерва – 2023
10-12 февраля новые резервисты из Москвы, Санкт-Петербурга, Перми и Нижнего Новгорода приняли участие в семинаре «Эффективные стратегии профессионального развития в академическом мире»
Технологии ИИ помогут ученым предсказывать заболевания
Мария Попцова рассказала о результатах работы в рамках проекта «ИИ в биоинформатике».
Ученые разработали новый метод анализа генетического перемешивания популяций
Исследователи Международной лаборатории статистической и вычислительной геномики НИУ ВШЭ совместно с иностранными коллегами предложили новый статистический метод анализа перемешивания популяций. Он позволяет точнее определять время и количество волн миграций. Так, в истории колумбийцев и мексиканцев (потомков коренных американцев, испанцев и африканцев) по два эпизода перемешивания, которые произошли около 350 и 200 лет назад для мексиканцев и 400 и 100 лет назад для колумбийцев. Результаты опубликованы в журнале Plos Genetics.
«Я понял, что магистратура - не продолжение бакалавриата. Это начало аспирантуры!»
С 4 по 7 июля 2022 года в МИЭМ НИУ ВШЭ прошла четвертая летняя школа «Суперкомпьютерное моделирование и системы управления в инженерии».
13 проектов НИУ ВШЭ поддержано Российским научным фондом
РНФ подвел итоги конкурсов 2022 года на получение грантов по конкурсам «Проведение инициативных исследований молодыми учеными» и «Проведение исследований научными группами под руководством молодых ученых», а также конкурса продления проектов молодежных групп 2019 года Президентской программы исследовательских проектов. По итогам первого конкурса поддержано четыре проекта НИУ ВШЭ на два года, по итогам второго — шесть проектов на три года, по итогам третьего — три заявки на три года.
Statistical and Computational Genomics Projects at HSE University
Vladimir Shchur, the Head and a Senior Research Fellow at the International Laboratory of Statistical and Computational Genomics, talks about the lab, its research projects and their practical applications.
Ученый – не читатель?
Авторская колонка Владимира Щура
В ВШЭ создали симулятор вирусных генеалогий, позволяющий моделировать пути распространения COVID-19
Ученые из МИЭМ НИУ ВШЭ совместно с коллегами из Калифорнийского университета в Санта-Круз и Европейского института биоинформатики разработали программное обеспечение, с помощью которого можно моделировать пути распространения COVID-19 в условиях глобальной пандемии. Это самый быстрый в мире симулятор вирусных генеалогий (VGsim — Viral Genealogy Simulator). Симулятор доступен, о нем можно прочесть в препринте на medRxiv и скачать код с GitHub.
Ученые Вышки рассказали, как открыть научную лабораторию
Семинар «Как открыть лабораторию?» прошел в рамках Программы профессионального развития российских постдоков
К слову о дискуссиях: бить или не бить
Авторская колонка Владимира Щура о двух традициях научных споров
Журнал Nature Communications опубликовал исследование российских ученых, в котором приняли участие студенты МИЭМ
Биологи и математики из НИУ ВШЭ, Сколтеха и ИППИ РАН изучили распространение коронавируса в России. Основная часть была закончена в конце июня, однако до октября команда работала с данными по советам рецензентов. Статья опубликована 28 января 2021 г. в журнале Nature Communications. Студенты МИЭМ рассказали о своем вкладе в исследование.
Досужие размышления об информационной эвристике
Авторская колонка Владимира Щура
New Online School on Population Genetics and Analysis
The HSE International Laboratory of Statistical and Computational Genomics has launched an online school for applied population genetics and analysis. The school does not require special knowledge in biology and is aimed at students, graduate students, and postdocs in mathematics, physics, and computer programming.
«Было интересно и даже захватывающе!»
Состоялась II летняя школа «Суперкомпьютерное моделирование и системы управления в инженерии»
Что такое геномика?
Интервью с заведующим международной лабораторией статистической и вычислительной геномики Владимиром Щуром
Рекордное количество вычислительных задач посчитали ученые Вышки на суперкомпьютере
В апреле их число достигло 16830 – это больше, чем за весь первый квартал 2020 года
Ученые ушли в онлайн и зовут с собой
Проведение первого научного семинара международной лаборатории статистической и вычислительной геномики отложилось почти на месяц из-за распространения Covid-19. Но в апреле знаковое для лаборатории мероприятие состоялось. О том, как живется ученым в условиях пандемии и самоизоляции, что такое геномика и в чем важность жестов на онлайн-занятиях мы поговорили с руководителем лаборатории Владимиром Щуром.
В Вышке создаются новые международные лаборатории
НИУ ВШЭ уже десять лет реализует проект «Международные лаборатории с участием ведущих зарубежных ученых». По итогам последнего конкурса проектов на создание таких лабораторий, завершившегося в ноябре прошлого года, решено открыть новые лаборатории. Кто будет работать в этих проектах и какими исследованиями они будут заниматься?
"Вычислительные среды": доклад "Поиск эпистаза в экспериментальных данных, полученных случайным мутагенезом"
На регулярном семинаре «Суперкомпьютерное моделирование в науке и инженерии, или Вычислительные среды» 20 ноября 2019 года доцент МИЭМ Владимир Щур представил своего коллегу из Сколтеха Дмитрия Иванкова. Иванков закончил МФТИ, после чего работал в европейских научных центрах и недавно вернулся в Россию. Тема его доклада «Поиск эпистаза в экспериментальных данных, полученных случайным мутагенезом».
4
проекта победили в конкурсе «Создание международных лабораторий Национального исследовательского университета “Высшая школа экономики” на период с 01.12.2019 по 31.12.2022».
"Вычислительные среды": доклад "О распределении длины трактов адаптивной интрогрессии"
2 октября 2019 г. прошел очередной семинар «Суперкомпьютерное моделирование в науке и инженерии, или Вычислительные среды». Владимир Львович Щур, к.ф.-м.н., доцент департамента прикладной математики МИЭМ, выступил с докладом "О распределении длины трактов адаптивной интрогрессии" ("On the distribution of tract lengths during adaptive introgression").